使用糖质原料柠檬酸生产中，常用的优良黑曲霉菌种有N一555、7y-144和川柠19-1，经过生产实践，证明这些菌种具有产酸力高、发酵速度快和营养条件要求粗放的特点．
(一)黑曲霉形态特征
1．菌落
在圈体培养基上，菌落一般都比较疏松，往往布满培养基表面。边缘不齐。菌落初为白色，逐渐变成棕色，孢子区域为黑色，菌落呈绒毛状。
2．菌丝
菌丝有隔膜和分枝，是多细胞的菌丝体，无色或有色。培养基上面为气生菌丝，下面为营养菌丝。生长一段时间后，菌丝细胞变厚，形成足细胞，由足细胞向上生出直立的分生孢子梗。梗的顶部膨大成球形的顶囊，顶囊表面生出一层或二层小梗，小梗顶端产生一串串分生孢子，使蜜输顶囊成为菊花形。这就是我们通常所说的孢子头(图1一1)．孢子头的形状、孢子颜色及大小等都是鉴定菌种的重要依据。
(二)黑由霉生理特征
N-555和丫-144黑曲霉在薯干粉、玉米餐、可溶性淀粉、糖蜜、葡萄糖、麦芽糖、糊精、乳糖等培养基上均能生长产酸。在以薯干粉为碳源时，不需要添加其它氮源，并能保持较高的产酸水平。柠檬酸生产过程中，pH值，温度、通气状况对产酸也有很大影响，一般来说，发酵初期以pH 3．4～3．5为宜，低的pH值可以减少杂菌的污染，能维持柠檬酸合成酶的性，促进柠檬酸的积累。产酸最适pH值因菌种不同也略有不同，通常在pH 1．8～2．5之间。发酵最适温度一般在28～31 oC之间，温度较高时易形成草酸。总之，黑曲霉生产柠檬酸，要求较低的温度和PH值，较高的通气量和糖浓度，这有利于产物的积累。