甲壳素类物质，若与植物性食品、牛奶及鸡蛋等一起食用可被吸收。植物和肠内细菌中含有的壳聚糖酶、脱乙酰酶以及牛奶、鸡蛋中含有的卵磷脂等可将其分解为低分子物质(壳寡糖)而被吸收，吸收的部位主要在大肠。
食用甲壳素类物质，自进入口腔即开始变化。唾液和伟业中含有大量的脱乙酰酶能够供应甲壳素中的几丁质一部分脱去乙酰基转化为壳聚糖，成为直接进入胃内壳聚糖的一小部分。
分子中含有氨基具有碱性的壳聚糖或壳寡糖，吸附水分体积膨胀呈凝胶状，并与胃酸反应生成的盐类，可解离为带正电荷的阳离子集团进入肠腔，使肠内PH移向碱性。
甲壳素在肠腔内经壳聚糖酶、分解酶和溶菌酶的作用几乎全部转化为壳聚糖。
壳聚糖经酶进一步分解为壳寡糖，后者可被酶转化为葡萄糖，吸收并参加三羧循环，又在辅酶作用下产生氧化还原反应释放能量，最终产生水喝二氧化碳排出体外。
寡聚葡萄糖和剩余的葡萄糖胺在大肠入血产生多种生理功能，而后部分保持原型经肾脏排出，部分在肝脏经酶降解后随胆汁回到肠腔与食物残渣一起排出体外。
少部分甲壳素中的几丁质经口腔、胃和肠腔都未能脱掉乙酰基而保持几丁质原型，同植物纤维一样随粪便排出体外，无任何变化。
甲壳素类物质在体内代谢演变过程中，主要依靠并显示如下的理化特性：
1
溶于酸性溶液、行程带正电荷的阳离子基团。
2
在体内经酶分解后吸收或直接吸收。
3
遇水溶解后呈凝胶状态并由吸附作用。
4
壳聚糖和壳寡糖的基本单位是葡萄糖胺，是体内存在的物质;甲壳素的基本单位是乙酰葡萄糖胺。降解后的寡聚葡萄糖胺和葡萄糖胺，是构成人体重要物质透明质酸的基本组成单位，具有良好的亲和性，无排斥反应。
5
降解的最终产物结构中游离氨基的邻位为羟基，与重金属离子产生集成作用并排出体外。