微生物种类很多，其个体是肉眼看不见的，但是单个微生物的细胞在固体培养基上，经一定的时间生长繁殖后，许多个体就在培养基的表面堆积起来，形成肉眼可以看见的菌落。每一种微生物的菌落在其形态结构、大小、色泽以及边缘情况等方面都具有一定的特点，所以，可以首先根据菌落特征，初步将各种微生物区别开来。
人们发现很多微生物能产生柠檬酸，例如毛霉、桔青霉、棒曲霉、泡盛曲霉、宇佐美睦霉及黑曲霉，还有假丝酵母。然而，能产生柠檬酸的微生物菌种并不都能适应工业生产的需要。为了得到一个能产生柠檬酸的优良菌种，往往需要化费很大精力，从不同地区采集的土壤，或从腐烂的水果中分离筛选菌种，然后采用适当的物理和化学因素进行菌种选育工作，以达到能用于工业化生产的目的。
微生物生产柠檬酸是以糖作为原料的，糖的来源可以是淀粉质原料，也可以是废糖蜜原料。所用菌种都是黑曲霉。黑曲霉不但能利用淀粉，而且还对蛋白质、纤维素、果胶物质等有一定分解能力，它的产酸能力也较高，在生产上比应用其它微生物有更多的优点。随着石油化学工业的迅速发展，近几年来，又开创了以石油为原料的柠檬酸发酵新途径，以液体石蜡代替淀粉原料，采用假丝酵母作为菌种，柠檬酸产率较高，达到了工业化生产水平．