第一，稳定性的区别。 无机酸通常比有机酸更稳定些(少数如碳酸除外)，因为有机酸通常的熔点沸点较低，加热到高温的时候容易分解，而无机酸通常可以承受200摄氏度。
第二，酸性的区别。 多数有机酸的酸性较弱(少数如HOOC-COOH除外)。而无机酸如三大酸酸性较强。
第三，分子量的区别。 无机酸分子量一般较有机酸的要低，因为有机酸中可以插入很多碳链。
有机酸：有机酸类 (Organic acids)是分子结构中含有羧基(一COOH)的化合物。在中草药的叶、根、特别是果实中广泛分布，如乌梅、五味子，覆盆子等。常见的植物中的有机酸有脂肪族的一元、二元、多元羧酸如酒石酸、草酸、苹果酸、枸椽酸、抗坏血酸(即维生素C)等，亦有芳香族有机酸如苯甲酸、水杨酸、咖啡酸(Caffelc acid)等。
无机酸：又称矿酸。属于无机化合物的酸类的总称。 无机酸，简单的是能解离出氢离子的物质。相对应的是有机酸，他们之间最大的不同点就是一个是有机物，另一个是无机物。都具有酸性。有机酸很多用来做成有机酯，或缩聚成高分子。无机酸大多用来提供氢离子。
有机酸类 (Organic acids)是分子结构中含有羧基(一COOH)的化合物。在中草药的叶、根、特别是果实中广泛分布，如乌梅、五味子，覆盆子等。常见的植物中的有机酸有脂肪族的一元、二元、多元羧酸如酒石酸、草酸、苹果酸、枸椽酸、抗坏血酸(即维生素C)等，亦有芳香族有机酸如苯甲酸、水杨酸、咖啡酸(Caffelc acid)等。除少数以游离状态存在外，一般都与钾、钠、钙等结合成盐，有些与生物碱类结合成盐。脂肪酸多与甘油结合成酯或与高级醇结合成蜡。有的有机酸是挥发油与树脂的组成成分。
有机酸多溶于水或乙醇呈显著的酸性反应，难溶于其他有机溶剂。有挥发性或无。在有机酸的水溶液中加入氯化钙或醋酸铅或氢氧化钡溶液时，能生成水不溶的钙盐、铅盐或钡盐的沉淀。如需自中草药提取液中除去有机酸常可用这些方法。
一般认为脂肪族有机酸无特殊生物活性，但有些有机酸如酒石酸、枸椽酸作药用。又报告认为苹果酸、枸椽酸、酒石酸、抗坏血酸等综合作用于中枢神经。有些特殊的酸是某些中草药的有效成分，如土槿皮中的土槿皮酸有抗真菌作用。咖啡酸的衍生物有一定的生物活性，如绿原酸(Chlorogenic acid)为许多中草药的有效成分。有抗菌、利胆、升高白血球等作用
无机酸，简单的是能解离出氢离子的物质。相对应的是有机酸，他们之间最大的不同点就是一个是有机物，另一个是无机物。都具有酸性。有机酸很多用来做成有机酯，或缩聚成高分子。无机酸大多用来提供氢离子。
有机酸和无机酸的区别主要是化学结构不同。有机酸如甲酸、乙酸、丙酸等。无机酸如磷酸、硫酸、、氯酸、锰酸。详细内容如下：
有机酸是指一些具有酸性的有机化合物。最常见的有机酸是羧酸，其酸性源于羧基 (-COOH)。磺酸 (-SO3H)、亚磺酸(RSOOH)、硫羧酸(RCOSH)等也属于有机酸。有机酸可与醇反应生成酯。有机酸可与醇反应生成酯。羧基是羧酸的官能团，除甲酸(H一COOH)外，羧酸可看做是烃分子中的氢原子被羧基取代后的衍生物。可用通式(Ar)R-COOH表示。羧酸在自然界中常以游离状态或以盐、酯的形式广泛存在。羧酸分子中烃基上的氢原子被其他原子或原子团取代的衍生物叫取代羧酸。重要的取代羧酸有卤代酸、羟基酸、酮酸和氨基酸等。这些化合物中的一部分参与动植物代谢的生命过羟，有些是代谢的中间产物，有些具有显著的生物活性，能防病、治病，有些是有机合成、工农业生产和医药工业原料。